Mirco,
Bem vindo!
Acredito que construir em betão ciclópico vai dar mais segurança à sua obra, porém é mais caro. Construir em pedra vai lhe trazer mais economia no entanto, tudo vai depender de como é o projeto, se estas paredes são autoportantes ou se existem vigas, colunas, etc.
A de se considerar também o tipo de pedra utilizada. Pedra calcária ou granítica. A pedra calcária (mais barata) que também é utilizada no betão ciclipico, tem resistencia muito inferior a da pedra granítica (mais cara).
Enfim, são vários parâmetros a serem analisados.