Se a proporia engenheira fez a pericia e constatou que não há risco de desabamento, provavelmente não há. Agora se mesmo assim você não está seguro disto, a recomendação é contratar um engenheiro particular para fazer uma nova pericia e te dar um laudo...
Quanto ao uso dos ferros e cimento, não tem nada haver. Ele poderia até ter usado ferros de 3/8", mas imagine se ainda assim fossem necessários ferros de 1/2"? neste caso você se sentiria seguro mas de fato não estaria, isto não serve muito de parâmetro. Há outras coisas a serem consideradas para avaliar a segurança da estrutura.
Quanto ao cimento, basta você dar uma olhada na embalagem e verificar se está dentro das normas, se estiver, pagar mais caro é mera burrice! O que muda as vezes é a secagem e o tipo de aplicação, mas cimento mais caro não é sinonimo de qualidade... além do que é muito difícil hoje em dia encontrar cimento fora de norma.
Outra coisa, nenhum argumento que você apresentar é suficiente para contestar o laudo, haja visto que o Sr não é perito entende? O negócio é contratar um perito ou então confiar no que lhe deram.