Vou relacionar alguns problemas com base em experiência própria.
Falta de capacitação ou habilidade profissional: Existem muitos profissionais bons no ramo, mas como em toda atividade tem uns que são péssimos. Então invista sempre no treinamento dos operários e fique tranquilo.
Falta de respeito: Já vi colegas engenheiros serem ameaçados, xingados e desrespeitados por operários da obra, perdendo totalmente a credibilidade entre eles. Então é a regra é; deixe o relacionamento mais direto com os operários na mãos do mestre-de-obras. O mestre-de-obras às vezes também pode querer tomar o controle da obra para si, portanto nunca seja subordinado ao mestre de obras. Isso acontece muito com os recém-formados.
Problemas trabalhistas: É comum operários entrarem com ações na justiça do trabalho por conta de contratos verbais, ou exigindo direitos trabalhista, vínculo empregatício no caso de contratos mal-esclarecidos.
Acidentes de trabalho: Também é um problema muito grave. O engenheiro deve sempre exigir e fiscalizar o cumprimento da NR18 na sua obra.