O ideal é tu ter um CNPJ, até porque dessa maneira tu consegue prestar serviço para outras empresas, que não costumam contratar autônomos!
Tendo CNPJ tu vai emitir nota e vai pagar os impostos devidos (IR, PIS, COFINS, CSLL, ISSQN...), o governo é aquele sócio que não faz nada e te toma boa parte do dinheiro ganho, isso sem falar no nosso outro sócio, o CREA, aparece uma vez por ano tomando um bom dinheiro, e ainda quer participar dos serviços com as taxas (ilegais) de ART!!!
Mas é isso, procura um contador que ele te explica melhor, até porque ainda tem o custo para tu oficializar a empresa, se tiver nota eletrônica na tua cidade tu ainda vai ter que pagar um bom dinheiro todo ano para ter o certificado digital (sem isso tu não emite nota), algumas prefeituras cobram taxa de alvará para empresas que não tem sede, que trabalham home office por exemplo, e ainda tem o custo mensal do contador, pois é tanta coisa para declarar por mês, mesmo sem emitir uma nota, e se tu não declarar qualquer dessas coisas adivinha!!??? A prefeitura vai querer te multar!!!!
Boa sorte!!!