Meu funcionário abriu dois buracos de 30x30cm um no meio da parede e outro no pé da parede.
Meu cliente está com medo de perder a garantia da casa, eu já me dispus a responder pela reestruturação da parede com graute. Será isto o suficiente?

Não, se você fez furos ou modificou qualquer parte do apartamento sem a ART de um engenheiro, mesmo se reparar depois, a garantia acaba.

O que você deveria ter feito, é chamar um engenheiro, pedir uma análise estrutural e se pode ou não tirar a parede, mesmo que temporariamente. Com a ART e laudo dele, aí sim você pode fazer os furos, se possível, também checar com a construtora.