Sabemos que, pela norma, os cálculos devem ser feitos como pórtico espacial, porém o programa disponibiliza o método de pavimentos isolados.
Utilizando o pórtico espacial, o programa apresenta uma série de problemas, sendo necessário o uso de elementos de dimensões exageradas para a correção dos mesmos.
Utilizando o método de pavimentos isolados, o programa roda redondinho e apresenta soluções mais dentro da realidade sem tanta dor de cabeça.
Minha dúvida é: Até que ponto podemos usar o método de pavimentos isolados.
Alguém já teve essa dúvida? Como solucionou?

Sabemos que o método de pavimentos isolados é um modelo simplificatório de cálculo que se "aproxima" da situação real da estrutura (um pórtico espacial). Digo se "aproxima" porque o método do pórtico espacial nos apresenta um cálculo totalmente complexo e preciso (p.ex. cada elemento passa a ter seis graus de liberdade por nó).
Partindo do pressuposto que o programa está totalmente "são", livre de erros, é conveniente sempre usar o método do pórtico espacial.

Note que quanto mais alta e complexa a estrutura, maior será a discrepância entre os dois métodos, por exemplo; no método espacial um elemento lá no ultimo pavimento, gera um efeito em outro qualquer no primeiro pavimento. No método dos pavimentos isolados esse efeito não é considerado diretamente, devido a simplificação.

Agora sua dúvida:

odilonjunior escreveu:Até que ponto podemos usar o método de pavimentos isolados.
Alguém já teve essa dúvida? Como solucionou?

Sempre usar o método do pórtico espacial. (em hipótese alguma usar simplificações principalmente para estruturas altas). Esqueça o método simplificatório, até porque o trabalho "braçal" é do software e não temos razão para preservá-lo.

Como você mesmo citou, a própria NBR6118 recomenda no seu item 14.2.2

NBR6118 escreveu:Premissas necessárias à análise estrutural
A análise deve ser feita com um modelo estrutural realista, que permita representar de maneira clara todos os caminhos percorridos pelas ações até os apoios da estrutura e que permita também representar a resposta não linear dos materiais.